Как и все районные тепловые станции Калининграда, РТС «Северная» использует природный газ. Однако, согласно нормам энергетической безопасности, имеет в запасе резервное топливо (мазут).
Испытания по переходу газовых теплостанций на резервное топливо проходят ежегодно. Они позволяют убедиться, что в случае перебоев с газом, переход на мазут произойдёт максимально оперативно.